在各地方的八大军区、两大舰队则是接受国防部和统战部的双重领导，平时的训练、作战都是由统战部付责，而人员编制、武器装配、后勤薪奉等等都是由国防部管理，另外在俱体的运行过程九，国防部下设的后勤部、装配部、培训教育部、军工科研部等等和农业部、商务部、工业部、文教部、科学院也都会有一定做交集，这方面的工作都由国防大臣和其他各部门的大臣协调处理。
而军人的军衔和军职依然保持不变，军衔仍按士尉校将帅，共计十六级，军职则是分班排连营团旅师等，凡是军事糸统的行政人员，都会有相应的军衔，而军职只限于军队的现役军人，当然现在各级军职也都有相应的军衔，因此现役军人和军政人员的等级标准也可以统一起來。
现在军衔最高的，是八大军区和两大舰队的司令官，都是大将军衔，目前还沒有人的军衔晋升到元帅，因此军队各级军官的军衔也就这样确定下來，最高就是大将，而元帅军衔，按照商毅的想法，应该只是作为一种最高的殊荣，在一般的情况下，现役军人是不能被授于元帅的军衔。
不过现在的情况比较特殊，因为在帝国建立的过程中，像周少桓、成进、李定国等人都建立了极大的功劳，理应给予必要的殊茱，因此在适当的时候，商毅也考虑将授于几名现役的元帅，当然这只是在开国时期这种特殊的时期，而在此以后，元帅军衔最多只能在军人退役之后的追加荣誉，不过虽然军衔和官品并不挂勾，但大致的相应对比，还是可以推算得出來的。
同时也明确规定：退役的标准并非是以退出军队，而是指退出整个军事糸统，另外现役的军职人员禁止兼任其他的官方或民间的任何职务，但退役之后，可以沒有这个限制，可以出任官方或民间的任何职务，包括参加各地方的国会议员选举，甚致是参加科举，进入行政系统等。
而在军人退役之后，可以保留军衔，可以在任何公开现合穿军装、行军礼的权利，在特殊时期，还会被应招复员，复新入伍，但退役之后，出任了其他的国家公职人员的退役军人，将严禁再复员入伍，也禁止在正式场合穿军装，但军衔依然可以保留。
大体上军事系统的框架就这样搭建了起來，同时各种相关制度也基本确定下來，周少桓也立刻着手开始组建国防部下设的其他各部门，其实这些部门几乎都是以前的统战部里就有了，而且这几年以來，各部门的工作也都进行得不错，周少桓也沒有过多的进行调整，基本都留任了。
但也有新増加的职位，就是二名副大臣和国防战略部部长，不也其中有一名副大臣是由统战部部长出任，因此周少桓只需要提名两位官员，因为现在帝国是军事是海陆并重，因此周少桓也认为，自己对海军的事务不熟，副大臣应该來自于海军系统，于是提名现在海军部的成钢出任，而国防战略部部长，周少桓提名由四川军区的司令官李牟出任。
对周少桓提名的这两个人选，商毅并沒有异议，也认为非常合适，因此也立刻下令，招成钢、李牟到南京來上任，而李牟留下的四川军区的司令官一职，由副司令尤洪亮接任。
国防部的人员的人员确定下來，接下束也开始着手建立统战部，现在统战部最重要的三个职位就是统战部部长、陆军部参谋长、海军部参谋长。
内阁推荐的人员是统战部部长成进、陆军部参谋长李定国、海军部参谋长黄震。
成进和李定国是当初和周少桓并列为国防部大臣的候选人，现在周少桓出任了国防部大臣，那么统战部部长自然是从这两人中间选择，因为成进的资历比李定国高一些，因此得胜的，李定国也只能退而求其次，出任陆军部参谋长，而海军的成钢出任了国防部副大臣之后，海军部参谋长一职也就只能由海军的另一名大将黄镇出任。
商毅对此也沒有异议，全部批准，并立刻下旨，诏各人进京就任，
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