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朱由校用杀言官的手段来威胁方从哲等人就范，除了维护威信外，更重要的是二人是皇权的拥护者。
神庙之所以让方从哲独支内阁，就是因为他听打整，能提他背黑锅；而孙如游入阁之后就上《朝条十事》，分别为保圣躬、勤圣学、揽主权、时召对、肃纪纲、挽世风、惜老成、延言路、饬边备、苏民困，其中揽主权一项，正中朱由校下怀。
虽然朱由校没有如同原来历史一样用魏进忠批阅奏章，每有批复俱出亲裁，但左光斗、刑科给事中魏应嘉、江西道试御史潘士良等认为‘未票先传、既票中易’有违祖制，‘中旨频宣’使‘票拟之权旁落’，应‘尽罢中旨’‘还票拟之职于阁臣’，达到‘重票拟以尊主权’目的。
‘重票拟以尊主权’无疑是想把皇帝作为神衹供奉起来，由内阁用票拟行使决策权，皇帝御批不能改变票拟内容，如有异议可发还重拟，不得以擅自改变。
如此，皇帝御批和内阁票拟的主次就不言自明了，朱由校既能看出揽主权与尊主权的一字之差，实质的权力归宿却天壤之别，就绝不会答应。
内阁制度发展到现在，阁臣渐渐将决策权把持在手中，地位等同于宰相，已经可以压制六部。在一定程度上，可避免皇帝的劳累和决策失误，有后世君宪制的意思。
平心而论，这种集体决策应该视为民主进步。但有民主必然会有不同政见，进而形成各种政治势力，在如今这种内忧外患的情况下，无疑会像原来的历史一样使朝臣陷于站队、相互攻讦、加重内耗的泥潭，反而没有集权来的高效。
朱由校要集权，但没有要解散内阁的意思，毕竟他的能力、精力都是有限的，只得仿效太祖建立内阁制的初衷：让内阁只有议政的权力，将决策权紧紧抓在手中，行政权归六部。
韩爌、刘一燝是新入阁，虽亲近东林，但还算恪守本分。朱由校留下他们，一为制衡，二为兼听则明，为的就是防止一党独大，并让内阁良性竞争。
……
朱由校看了看沉默不语的方从哲、孙如游后，板着脸走到杨涟面前，抬头看着这个四十出头的中年人，问道，“知朕为何让你伴驾到此吗？”
杨涟不敢和天子对视，下跪道，“皇上，臣蒙受先帝三十余日之深恩，如今梓宫在殡，陵园未建，此时求去有负先皇所托，请皇上降罪。”
朱由校登极之后便升杨涟为兵科都给事中（正七品，为兵科长官），对其信任有加。后来，杨涟因朝野怀疑，上疏《移宫始末》，经《京报》、邸报皆刊示曲直，朝野不再议论宫闱。
朱由校身为移宫的亲历者，在杨涟上《始末》之后自然要表彰他，称其‘忠直可嘉，志安社稷’，朝野却说杨涟此举居功邀宠，让他百口莫辩。
左光斗在来时，一路劝解杨涟留任，闻言也下跪道，“皇上，臣同魏应嘉、方孝孺都等皆以为移宫之事，杨涟功在社稷，从无居功之心，乞皇上慰留以光言路。”
杨涟不理会左光斗，叩头道，“臣主移宫实因有选侍欲垂帘之密谋，继离出震之时，诸臣共有防微虑隐之意，臣不过从诸臣后，竭蹷号呼相应和而已。且皇上登... --
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且皇上登极名正言顺，臣岂敢贪天为力。近日舆论皆因臣起，心有不安，唯有决去以仰报皇上深恩。”
朱由校皱眉道，“移宫之事，文武大小臣工所共见，朕亦已屡谕明白，各官争辩俱已有旨，是非自见，你烦言求去，使朕孤立于上，岂是忠爱？”
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