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时光如白驹过隙，转眼间便是隆武二年。腊月二十八的时候，阴世纲、卢九德、郭追等山东重臣迎奉朱聿键回到南京。去岁八月份的时候，长达两个多月的南京保卫战刚刚落下帷幕，整个金陵城内城外到处是满目疮痍，阎应元和陈明遇都在战斗之中受了伤，如今正在调养治疗，恢复南京政事的担子便落在了史可法、陈子壮、朱和畑、徐文爵等一众文官和勋贵的身上。即便是卢九德这样的资格甚老的内官也在其中出力不少。
清军围城两月，始终未能攻入南京内城，皇城的宫殿得以完整的保存下来。朱聿键甫一入京，便急匆匆的叩拜宗庙谢罪，此番遭遇郑芝龙的背叛，也令他倍受打击，一连两月的奔波、忧虑、愁思，使得朱聿键在进入南京城之后的第二天便病倒了。
朝廷政务自有史可法、陈子壮、卢九德等人打理，军务则由李岩、朱大典和陈上图等人主管，朱聿键的一干心腹之人黄道周、周之藩等是万万插不上手了，就连郑森的两万兵马都被拒之于南京城外，严令不得随意入京，郑森只能带着陈泽、周全斌、甘辉等心腹将领只身进入南京。
如今，朝野之间都清清楚楚，睿王上位已经是大势所趋，不能阻止了。
新年之间，由于隆武朝廷直到现在才有喘息之机，所以一应朝贺的典仪是在所难免的，包括祭天祭祖，重修太庙，恭迎历代皇帝再度回归供奉之所等等，一直忙碌了一个多月才算告一段落。
睿王府的军机处，包括朝廷的临时内阁这些时间都是忙的马不停蹄。但一切军政要务却是全部由赵光抃、阴世纲、朱大典、史可法、张煌言、陈子壮这些嫡系或者朱平安的拥护者所把持，旁人是万万难以插手的。就连新年之后的第一次朝会，都大有冷场的趋势。
新年伊始，又恰逢大乱之后皇帝还朝，对于有功将士的封赏是必不可少的。内阁和睿王府军机处早已拿了一个章程出来，所谓的请皇帝御览也不过是走一个程序而已。
各地的督抚和三司衙门主官除了殉国、投敌的之外。其余的基本是沿用了义兴朝时的老班底，这个举措看似简单，但却在很大程度上安抚延揽了人心。
只有沿用了三百年的军制，却在此时悄无声息的发生了变化。以往的军户制度虽然没有大刀阔斧的砍个干净，但已经是名存实亡。军机处和临时内阁联合出台的方略，其实便代表了朱平安在山东以来这么多年积累下来的变革意见，经历了这么多年险些亡国灭种的变乱，军制不变是绝对说不过去的。
原先的六部依然保存，但兵部却是被划分出来。归于军机处的直接统辖之下，自此之后，兵事衙门也将自成一体，由军机处直接统管。除了兵部之外，还成了后勤装备部，将全面负责整个天下兵马的一切供给。各省设立总兵府，由军机处统一任命各省总兵，为当地最高兵事主官。但五年轮换一次。为防止总兵独揽兵权，更名为监察部的督查室则将派驻武官至各省。担任总兵副手，即各省都指挥同知，负责协助总兵管理各省的兵事。同时，四品以上官员俱都享有密折专奏的权利，可以直达天听，向军机处和皇帝禀告一应事宜。
自义兴、弘光两次变乱之后。又经历了郑芝龙、满清八旗南下的事情，朝中的文官集团元气大伤，对于朱平安集团提出的变革方略，完全失去了抵抗反对的能力，就连朱聿键也无能无力。只能是匆匆的下诏用印推行天下。
热热闹了一阵，朝堂之上重新归于平静，大部分朝臣们都面面相觑，不知道接下来该做什么好，只能将目光投向如今临时内阁和军机处的一众重臣身上。
果然阴世纲接下来提到的一件事情便勾起了众人的兴趣。那就是关于吴三桂的处置意见。
杨廷麟的山陕兵团入蜀，王应熊的四川兵马和大西军孙可望等人的余部尽皆表示归顺朝廷，三路兵马围剿洪承畴所部，要不了多少日子，清军最后的残余部队就将灰飞烟灭。对于洪承畴这种曾经丧师辱国、而后又倾尽全力为满清谋划南下的乱臣贼子，自然是要全力剿灭、抄家灭族。
本来接下来便要轮到盘踞在广西的吴三桂，但这个吴三桂却是抢在前面，先一步剿灭了永历朝廷的叛军，杀了瞿式耘不说，吴三桂却又在庆远府亲手绞杀了永历皇帝朱由榔父子，声称自己将投效隆武朝廷，此举便是为了朝廷诛杀叛国之徒。同时还将自己的儿子吴应熊和其余子侄以及清廷赏赐的王冠、车马、印绶全部送到了张名振的军中，充分表达了自己的悔改... --
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的悔改、归顺之意。
那么，朝廷要如何对待这个曾经的叛徒呢？如果要一意孤行，将其斩杀，显然是不太合适的，吴三桂已经以朱由榔父子的性命为进见之礼，献上了自己的诚意，而他又和洪承畴有些区别，毕竟他并没有大张旗鼓的公开投靠清廷，一直是以为崇祯皇帝复仇为旗号，不得已才投靠清廷的面目示人的，朝廷中不少人都对其心怀同情。
这次又以十万大军、广西全境来投，一路上又斩杀了袁继咸这样的割据藩镇和朱由榔这样的叛臣，现在的朝堂之上，除了已经改封为忠孝伯的郑森对其恨之入骨，恐怕也没有人愿意将其划进必杀之列。
