明成祖晚年，由于陆上北方威胁为除，南方郑和下西洋以后，激增的海陆来往也带来了渐盛的倭寇侵扰，遂实行海禁政策，只开放勘合贸易(官方贸易)，但后来到了嘉靖二年(西元1523年)爆发了宁波之乱，加上稍早时，葡萄牙人入侵发生了屯门海战与西草湾之战，此后沿海治安多次陷入危机，明朝遂宣布中断一切贸易，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多自唐朝以来整个贸易产业链相关从业人员（鱼业、手工业、造船业、贸易）的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成了嘉靖倭乱。
后来的发展上，明人王直扮演了很重要的角色，王直曾上书朝廷请求开海禁，被拒绝后，把基地设在日本的平户藩，以反对明朝海禁政策的南方中国人为基础，与日本人、佛朗机人合作进行走私，在后期倭寇中，很为知名。胡宗宪与戚继光曾参与讨伐倭寇的军事行动。
15世纪半至16世纪，其活动舞台为中国沿岸、东南亚方面，成员以中国人及朝鲜人为主，被称为“假倭”。此时期倭寇发生的主要原因是明代中国的生产力增加，但却施行海禁政策。史书所见的最后倭寇，在1624年7月侵犯福建沿海。“推其祸始，乃由闽、浙沿海奸民与倭为市；而闽浙大姓没其利，阴为主持，牵连以成俗。当时抚臣朱纨欲绝祸本，严海禁；大家不利，连为蜚语中之，而纨惊死矣。纨死而海禁益弛，于是宋素卿、王直、陈东、徐海、曾一本、许恩之流争挟倭为难。自淮扬以南至广海万余里，无地不被其残灭，而闽祸始惨矣”。
之后的东亚海上贸易活动
由于丰臣秀吉发布八幡船禁止令（海盗行为禁止）的影响，倭寇的活动开始减少，东亚的海上贸易也因此平静不少；而类似支持反清复明运动的郑芝龙与郑成功之类的武装海商集团也是存在的，但是已经不称其为倭寇了。
倭寇的影响
明朝与高丽、李氏朝鲜都曾经对室町幕府要求取缔海盗行为。明朝甚至于与日本发展了勘合贸易。而高丽王朝的灭亡与李氏朝鲜以倭寇根据地名义进攻对马岛也是受到倭寇的影响。
八幡船
日本室町时代到江戸时代的海盗船通称为八幡船，这是由于倭寇以“八幡大菩萨”作为旗帜。
活动地区
倭寇的根据地包括日本的对马岛、壹岐、平户岛、五岛列岛，以及中国、朝鲜半岛与的沿海岛屿、台湾岛、海南岛。荷兰人未到台湾之前，台湾也是倭寇的活动据点，学者研究亦证明，在台湾活动的倭寇，亦是漳泉一带日本方面有贸易的著名海商或海盗，不是日本人。
知名人物
松浦隆信（道可）、许栋、王直、李旦、颜思齐、曾一本、郑芝龙
韩国史料
在韩国正史《世宗实录》中，叙述“前朝之际，倭寇兴行，民不聊生。然倭人不过一二，而本国之民，假著倭服，成党作乱。”《太宗实录》又写“或时，假倭为寇。”纪录寇边的倭寇，其组成实以韩国人为主。
