但石达开在天京，以自己的行为，安定人心，逐渐淡化和消除天京内讧带来的负面因素。太平天国是马上争天下的，在无日不战的大江南北几个战场，石达开又以高明的以守为攻的战略方针，重振军威，强化了拱卫天京的句容、溧水和镇江等卫星城镇的防御，特别是积极支持陈玉成、李秀成在两淮团结、联络十万捻军主力部队，使他们接受太平天国领导和封爵，联合作战。
石达开的声望日渐超过了天王洪秀全。洪秀全又寝食难安了，毕竟石达开全家被屠杀，洪秀全是有责任的。洪秀全便以他从古史中所学到的帝王学权术，开始挖石达开的墙角。
洪秀全在天国中枢的天王府，增设了掌率，并取消了六官二十四个正副丞相，改为天王府主持吏户礼兵刑工等六部的六个侯爵级丞相，他把亲信尽量超擢，放在这些重要位置上，如正掌率是弄臣蒙得恩，副掌率是天王的姐夫钟芳礼。
洪秀全还封两兄为王。他封长兄洪仁发为安王，次兄洪仁达为福王，让他们参政议军，和石达开并起并坐，但洪氏兄弟是朝野以至敌国皆知的庸才。他们只是天王的影子，抑制石达开，常与他抬杠、推横车。
石达开在天京的日子又日渐难过。石达开部属张遂谋建议他说：“翼王殿下，为了天国，我们再一次清君侧吧，诛杀洪氏兄弟，如屠两狗。”
石达开摇摇头，说：“不行，一言不合就杀人，那样我跟韦昌辉有什么区别？”
张遂谋问道：“那么我们该怎么办，这样下去，我们不杀他们，他们也会杀我们。”
石达开叹了一口气，说：“合则留，不合则去。”
石达开选择了离开天京，他借口赴南门外雨花台太平军驻地“讲道理”，就与曾锦谦、张遂谋等人离开了天京，经铜井镇渡江，取道无为州往安庆，沿途遍贴告示：
为沥剖血陈，谆谕众军民。
自愧无才智，天恩愧荷深。
惟矢忠真志，区区一片心，
上可对皇天，下可质世人。
去岁遭祸乱，狼狈赶回京，
自谓此愚衷，定蒙圣鉴明；
乃事有不然，诏旨降频仍，
重重生疑忌，一笔难尽陈。
疑多将图害，百喙难分清。
惟是用奋勉，出师再表真，
力酬上帝德，勉报主恩仁。
惟期成功后，予志复归林。
为此行谆谕，谆谕众军民。
依然守本分，各自立功名。
或随本主将，亦一样立勋。
一统太平日，各邀天恩荣。
洪秀全有石达开，不安，石达开跑了，他也不安。朝野还多有议论，他的两位老兄成事不足，败事有余。远在淮南战场的李秀成也甘冒不大韪上表，要求黜安王、福王爵，再启用翼王。而各路清军，尤其是江南大营在石达开离京后卷土重来，先后攻陷了溧水、句容，围困了镇江。天京内外交困。
洪秀全不得不听取众见，削去两位兄长的爵位，将爵号另设新爵，即六爵的天安、天福。并镌刻义王金牌一道及天京朝臣联合签名的求救表送往安庆，请石达开回京主政。石达开不接受封爵义王，也不表示回京。在杨秀清被杀后，他已两次奉天王旨进京的，但两次却又都是逃出来的，前车之鉴，风浪险恶，他是再也不愿第三次进京，和洪秀全合作了。
石达开留在安庆五个月，招聚安徽和天京的各路人马，他带走的人从四五千变成了四五万。
羽翼渐丰，石达开准备攻下江西，以江西为根据地，拿下安徽，然后西进四川，自立为王。而在江西，他最大的敌人就是曾国藩的数万湘军。
曾国藩的用兵战略，是分三步走，先攻下江西九江，再拿下安徽安庆，接着顺江而下，拿下天京！
