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左季皋创想的“兵商两用”思想只能说是一种良好的愿望，但也终究只是个愿望，真的落实到军舰设计上，是必然要有所侧重的，象法国人为乾国设计的船政“第一号轮船”，按照左季皋的要求，配用的是多为商船使用的立式蒸汽机。采用立式蒸汽机可谓兼有优弊，优点是，立式蒸汽机较为节省平面空间，对于需要在舰内留出大量空间布置货舱的商用目的较有价值。缺点是立式蒸汽机当时主要是商船使用，安装在舰体内对安装位置的高度要求大，势必造成军舰干舷加高，随之而来的就是舷侧战时被弹面积大，中弹概率也高，在炮舰这一用途上存在不小的弊端。而从法国人设计的舰体加大、采用立式蒸汽机、货舱容量扩大为260吨，机舱、货舱几乎占据了舰内三分之二的空间这些特征来看，商船在“第一号轮船”的设计中所占的比重显得过大，但作为商船使用，运货量又太小，缺乏竞争力。因而这样一艘船，看似可以“兵商两用”，实际上是“兵商两误”。
此外，在为船政造船厂选择厂址时，自负的左季皋也犯了很大错误，他拍板所定下的船政船厂厂区所在位置，有先天不足之处，限制了船政的发展。
左季皋选择的船政厂区位于马尾港左侧的江岸，马尾港位于闽江下游的乌龙江、白龙江、琴江三江交汇处，距离闽江入海口30公里，水量充沛。且四周群山环绕。闽江口外又有琅岐岛、马祖列岛等岛屿为天然屏障。是避风条件好、淡水供应充足、不冻不淤的天然良港。
船政厂区选址所在的马尾港左侧江岸虽然地势险要、易守难攻且水量充沛、不淤不积，但是临岸水深过浅，仅仅5米，既不能靠泊吃水深的船只，也无法建造任何吃水接近5米的船只（即便造出来了也无法下水）。
即便是建造吃水不超过5米的船只，下水时还得看江水的情绪，只有趁涨潮时分才能够下水成功；且中岐乡地段土质疏松，不适合开挖传统的石质干船坞。因为这里土质过于疏松。极易引发渗水或是塌方等严重事故，所以后来船政选择使用施工难度较低的“拉伯特”式拖船坞。虽然船政局拥有的拖船坞建成的时候是当时远东第一、世界第二大的拖船坞，但是最大也只能允许2500吨左右的船只上坞维护，在客观上限制了船政局所造船只的吨位。
对于船政厂址选择不当和“兵商两用”思想的弊端，林义哲自然十分清楚，他据理力争，要将船政厂址改在马限山西北簏，婴脰山西交界处，该地土质坚实，适宜建厂。【】更有马限山为之屏障，可阻台风袭扰。但林义哲的建议遭到了左季皋的部下船政提调周开锡的反对。时任船政大臣也是林义哲姑父的沈佑郸虽然相信林义哲的建议是正确的，但他害怕因此得罪左季皋，一直犹豫不决。但不久之后，一场台风来袭，导致船厂所在江岸发生大面积垮塌，不但辛苦建立起来的船台被毁，还有不少工人死伤。这场天灾使沈佑郸意识到了必须更换船政厂址，于是他力排众议，采纳了林义哲的意见，将厂址迁到林义哲所建议的地方，也就是今天船政的厂址。
为了不得罪左季皋，沈佑郸在上奏朝廷说明台风灾害自己揽下责任和决定迁址的同时，写信告知了左季皋，详细解释了迁址的原因，左季皋担心朝廷追究其选址不当的责任，便赞同了沈佑郸迁址的决定，但对首倡迁址并指责其选址不当的林义哲，则一直心怀不满。
而林左二人的第二次激烈冲突，便是因为“兵商两用”的船型。
尽管林义哲指出了“第一号轮船”的“兵商两用”设计思想之误，但船政大臣沈佑郸不想因此得罪左季皋，是以没有接受林义哲的建议，而是仍按原来“兵商两用”的设计建造“第一号轮船”，即后来的“万年青”号（船名取“万古长青”之意）。
&年青”号属于船政五年造船计划中的150马力大轮船，船型上大致可以归纳入炮舰一类。“万年青”号的设计母型是法国的“la&级炮舰，但又并不是单纯的按样仿造，“万年青”号在尺寸、吨位上都进行了扩大，之所以如此就是为了满足左宗棠提出的“兵商两用”目的，在原本炮舰的设计上增加货舱，以便同时具备炮舰和货船的双重身份。
&年青”号的排水量达到1450吨，几乎是母型的一倍，很大程度上还保留着风帆军舰的特点，船首装有斜桅，主甲板上分布着三根略微向后倾斜的主桅，必要时可以挂起风帆航行。“万年青”号的露天甲板上建筑非常简单，中桅前方是机舱棚和烟囱、风筒，对应的锅炉、蒸汽机就在其下方的舰体内，烟囱之前不远是全舰的指挥中心——横跨两舷的飞桥，上面装有标准罗经，两翼安装航行灯，飞桥之下是一间木制的操舵室，并没有后来军舰上必备的装甲司令塔。作为那个时代军舰的通例，除了操舵室里的主液压舵轮外，“万年青”号后桅之前还有一套备用的人力舵轮，因为军舰吨位较小，因而配备的是双联舵轮。在烟囱、飞桥建筑的前后，甲板上可以看到分布着两组巨大的货舱盖，货舱容量为260吨。机舱、货舱几乎占据了“万年青”舰内三分之二的空间，在剩余的舰首甲板下是锚链舱、厕所、水兵舱等舱室，舰尾剩余的空间则全部是军官生活区。
作为一艘炮舰，“万年青”号虽然也装备了武力，从侧舷看。“万年青”号每舷开有5个炮门。理论上最多可以安装10门火炮。但是由于炮门非常狭窄，因此火炮的射界调整余地是很小的，由此导致其火力薄弱和战斗力低下。
&年青”号下水试航一切顺利，但在开赴远海试航时，却刚好遇到了海盗劫掠商船，“万年青”号当既上前营救商船，炮击海盗，但因火力单薄（由于经费所限。当时只在两侧各装了3门24磅前膛炮），不但没有能够击退海盗，反而导致了海盗的疯狂围攻，“兵商两用”的设计思路可谓彻底失败。
海盗见有机可乘，在用火炮攻击“万年青”号的同时，发起了接舷战，打算劫夺“万年青”号，局面一度非常危险，所幸林义哲为了加强“万年青”号的火力，在“万年青”号的桅盘内装了三架他用比利时商人遗留下的一具“蒙提格尼”排枪改造而成的加特林转管机枪作为近战武器。依靠这三架“林氏机枪”（等于是加特林机枪的改进版，因先于加特林在乾国注册。故有此称），“万年青”号成功的摧毁了十余条海盗船，打死海盗一百多名，成功的解救了商船。
经过此次风波之后，船政大臣沈佑郸上奏朝廷，称已派“万年青”号启航北上，请朝廷派大员检验，并恭请朝廷“宠赐嘉名”。但是让沈佑郸万万没有想到的是，不久之后，他竟然接到了朝廷“左季皋奏船政所造蒸汽轮船并未尽善”的回复和一份左季皋参劾船政的奏折抄本。
左季皋参劾“闽省船政局制造蒸汽轮船任意玩延，船政大臣有意讳饰”，左季皋在奏折中称“窃查闽省船政局制造蒸汽轮船，一经风浪，百业病生”，又说“闻近年该局员匠愈趋愈下，制造员绅之骄肆，监工之不力，均不似初创之时”，他“逖听之余，曷胜愤... --
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，曷胜愤懑！”，是以“请旨申饬，以儆将来”，可以说倒打了一耙。对此林义哲和沈佑郸十分气愤，上奏辩白，朝廷随即命令两江总督曾伯函前去查验回奏，曾伯函向林义哲了解了详情，回奏称“船政创设之初，左氏即定船型为兵商两用之船，即有事则以为兵船任战，无事则以为商船，运货捕盗。须知近世造船之法，船型功用皆有侧重，兵船以能堪任战为主，商船以装载多货为主。左氏所定之船型，以之为兵船，则火力太单；以之为商船，而载货量又小。左氏所欲兵商两用，实是兵商两误”，朝廷接受了曾伯函的说法，驳回了左季皋的奏折。
在曾伯函上奏指出是左季皋不懂装懂定下船政建造兵商两用船的方针致使“万年青”号战力低下后，气急败坏的左季皋找不到辩解之词，竟然把责任推到了船政的两位洋监督日意格和达士博身上，他上奏为自己辩解称自己是“受了洋人蒙骗”，指责日意格有意不把最好的船型提供给他，达士博在设计中国轮船时“包藏祸心”，故意将“万年青”号设计得战力低下。日意格得知消息后百口莫辩，一度想要辞职，被沈佑郸好言挽留。而作为“万年青”号的总设计师，学者气甚浓的达士博却坚决不肯被这个黑锅，他亮出了直接证据——一套“万年青”号的全战舰方案的图纸，称这才是他最初设计“万年青”号，但却被左季皋亲自否决了，左季皋本人坚持要在战舰上加上货舱，至使“万年青”号比母型大了一倍。日意格也向沈佑郸证实确有此事，并称现在西北左季皋军中服务的船政原副监督德克碑也知道此事。沈佑郸据此上奏朝廷，左季皋又闹了个灰头土脸，朝廷为了防止口水战升级，便压下了此事，还特意指示左季皋“不必再行上奏”，那意思就是说你不要再闹了。左季皋这口气没有地方出，一怒之下将德克碑解职一脚踢回了法国。
经过这次风波之后，左季皋从此切齿深恨沈佑郸和林义哲，连带对船政局也恨上了，曾借口“西征饷急”，停了船政的经费，所幸林义哲和沈佑郸多方设法筹集资金，加上国内商民的捐助，不但将船政局维持了下来，还建成了乾国第一支蒸汽舰队——船政水师。
