若是只从“深明大义”的角度来讲，圣思德望三世的做法挑不出任何的刺来：他本来就不是罗马教区的执事或“枢机司铎”，而为了保证教会的正统性，他愿意牺牲自己的子嗣后代或亲属成为教皇的可能，这个行为是应该得到赞扬和夸耀的——但即使是两个教会的实际控制者的三族联盟和哈度本人，都没有发现这个西西里人教皇，其真实身份是当代什叶派的第二把交椅，伊斯拉米·本·普义德·本·兰米特·本·伊罕，出生于西西里，在阿拉伯地区苦修传教，秘密加入什叶派并得到十二伊玛目派领袖阿里·哈迪的信任。
既然没有受到三族联盟的怀疑，圣思德望三世就开始了他的布局：首先是和历届教皇一样，先替换掉罗马周边临近教区的主教，也就是“枢机司铎”；然后逐渐撤换罗马教区执事，把所有教堂都换成教皇的“自己人”。这两招是以往的教皇为了方便日常事务都会做的事情，自然也就没有引起任何人的警惕。结果截止公元771年，除了阿尔巴诺教区和奥斯蒂亚教区外，其他五个“罗马城郊教区”的主教都被换掉了。
不过他们将教皇国独立于三族联盟外的野心并没有立即表现出来，反而是一直到了近300年后，也就是公元1059年，教皇尼古拉二世为进一步确保教会首牧的选举不受世俗力量的影响，规定维度“枢机主教”有权选举教宗，而其他等级的枢机和罗马教区的圣职班须接纳被选出的教皇人选——至于罗马皇帝，则只礼貌上获通知选举教皇的结果。但是这样的通知对皇帝而言必然是不礼貌的，也就从这个时期开始，罗马皇帝和教皇之间的关系变得愈发僵硬。而对于这样的情况，三族联盟却不好开口进行斡旋：一则还是那句“挑不出刺来”，尼古拉二世这种将各教区的顶尖人才聚拢到罗马附近的做法并没有问题，这反而是一个严谨的教徒应该有的想法；二则是教会力量的极大提升，使得三族联盟的利益得到了全面的保障，也让他们搜集掠夺能力的难度有所下降，这是几千年来他们从来的都不敢想象的事情。
也就是这时，那些人从内部分裂教皇和教会的手腕暴露了出来：公元1095年，教皇乌尔班二世号召西方志愿军前往拜占庭帝国抵抗賽尔柱人从安纳托利亚而来的入侵。这件事情在三族联合会议上也有进行讨论，当时乌尔班二世的理由是回应拜占庭皇帝阿历克赛一世的求援。对此，联合会议认为，这时教皇强化其对世俗控制力的绝好机会，就应允了乌尔班二世的行动。但是随着这些佩戴有十字标志的士兵和骑士的东征，以及教皇本人经常在临战的时候为士兵们祝福和祈祷，导致东征中的口号逐渐从“为了上帝”，演变成“为了教皇”。即使三组联合会议高层都不是迂腐之人，但多少还是会对乌尔班二世有所不满——这不是一个傀儡该有的荣耀。
不过，为了保证第一次十字军东征的胜利，三族联合会议“很聪明的”没有插手干预，结果这群激动万分却没有任何建制和规矩的骑士们一举攻下了耶路撒冷。
在这段时间中，教廷收获了大量的财富，且搜集了足够的掠夺能力者（没有派到战场上去，反而偷梁换柱的放到了梵蒂冈），使得教皇本人有着极大的权力和实力，也最终有能力和三组联合会议正面交战——手中握着主要教区、教皇卫队和掠夺能力部队的乌尔班二世一出手就占据上风，将三族联盟打得落花流水。
