由于捕捉女巨人作战以失败收场，调查兵团牺牲过多而导致不到一日便归返。此后艾伦被中央政府下令交给宪兵团。
此时的男二阿明根据在巨型森林中看见的女巨人会使用格斗技和她只是杀人而并不吃人，并且拥有智慧，所以被阿明确定为是有巨人之力的人类。之后阿明根据阿尼使用别人的立体装置，直接将目标锁定在了她的身上。
之后调查兵团的长官根据阿明的判断，制定下了第二次的女巨人捕捉作战。阿尼身份被阿明当场揭穿后其巨人化后与调查兵团作战，因误伤平民后放弃战斗开始逃跑，最终逃跑失败，在即将被擒之际回忆起父亲的嘱托，抑制不住自己的感情而流泪... --
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情而流泪，并使用超硬质水晶将自己封印，后被调查兵团关押在地下最深处。
而艾伦等人被召回王都的事情也因此被取消了，调查兵团扭转了绝望的局势。
到这就是动画第一季的结局了，之后的剧情全是漫画的。
即另外两个卧底与人类社会的巨人，莱纳·布朗和贝特霍尔德·胡佛为了将拥有巨人化能力的阿尼和艾伦带走，变为铠之巨人及超大型巨人，与调查军团交战。
莱纳，贝特霍尔德在成功带走艾伦和尤弥尔后因为体力消耗过大而暂时在巨木森林中休息并躲避联合部队的追赶，阿尼受这两人的笼络同意加入巨人阵营。
身后的联合部队成功追上被带走的艾伦，三笠斩伤阿尼的双眼并威胁阻挡她夺回艾伦便杀了她，由于赫里斯塔·兰斯的劝说阿尼放弃抵抗。众人登上铠之巨人的身上并与贝特霍尔德·胡佛和莱纳·布朗对话，贝特霍尔德·胡佛诉说之际，埃尔温将众多巨人引到铠之巨人的前方阻挡铠之巨人的前进。
联合部队成功解救艾伦，埃尔温亦损失右臂，让受伤昏厥，三笠受伤不能行走，汉尼斯为了保护艾伦和三笠也被巨人吞噬死亡，其余兵士也损失不小。三笠在紧要关头感谢艾伦之前的陪伴，和初次见面时帮她戴围巾，艾伦也说出了愿意在以后的岁月一直帮三笠戴围巾。艾伦为了保护三笠，意外展现出了疑似可以控制其他巨人的能力（名为坐标力的控制能力）。成功的阻拦了铠之巨人的追击，艾伦等人返回墙内。
返回墙内后众人得知尼克神父被宪兵团所杀，而他们正打算通过特罗斯特区的利布斯商会逮捕艾伦和赫里斯塔，于是韩吉等人将杀死尼克神父的几名宪兵抓起拷问，得知雷斯伯爵是真正的王族，赫里斯塔是王族血脉，决定让赫里斯塔成为女王并得到商会的支持。但押运前宪兵团得知计划，杀死商会会长提前带走两人。
这之后城墙的秘密被揭穿——城墙内部全是50米级的超大型巨人，而且都是活的。他们在百年前用铠之巨人一样的硬化能力站成一排变成了城墙。
随后剧情展开到人类巨人化的原因——人类发现了巨猿族，想将他们用于军事，于是获取他们DNA后并进行实验，经过多年的研究，终于研究出了可气化成巨人的病毒血清，但是这是不成熟的，成功率很低，副作用大，结果由此产生了一大批失败品，这些失败品就是巨人.不知何种原因，血清变异了，产生了可传染的病毒，于是大批巨人就此诞生了。
至于有智慧的巨猿人，由于动漫并未完结，潘东所能整理的信息只有其能指挥其他巨人并可用语言和人类进行对话，能够在超远距离投掷巨石精准击打目标，似乎还能够将人类变为普通巨人并使其能够在夜间行动。
花了整整一天的时间，潘东将进击的巨人这部动漫的动画和漫画全部看完，将其中的资料全部记录下后，他开始制定起破关计划。
首先，因为智慧的巨猿人绝对是巨人世界的真正BOSS，最后的剧情应该是与其战斗。因此需要先将墙壁内的分歧势力全部铲除。
其次，主角是主线推进的关键，需要将他的实力进行强化。
然后，那个主角家进行巨人化试验研究的地下室必须去打开。
最后，关于自己的身份问题必须得完美的解决，以现在来历不明的的身份，很多事情都会受到限制。
理清楚计划之后，潘东将笔记本一合，静心吐纳之后，等待着关卡的再次开始。
