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然地出现大的改变。但是有些步骤现在也许在一些个别情况下仍然存在着，也许原先是从分级很细小的步骤中分化出来的，就像相同的一株植物出现的两种花。
还有一种非常重要的过度方式，就是两类迥异的器官，或者是两类形式很不相同的器官，能够在同一个个体里发挥一样的机能：在动物中举例来说，鱼通过鳃来利用溶解于水里的空气，同时通过鳔利用处于游离状态的空气，而富有血管的隔膜将鳔分隔开，还有鳔管来供应空气。此外，还能够在植物中举一个例子：植物有三种攀缘方式，一是用具备感觉的卷须卷住一个支持物，二是用分发出来的气根，三是用螺旋状的卷来绕；通常情况下，一种植物群只运用其中的某一种方法，不过有几类植物是同时用两种方法，也存在一个个体同时运用三种方法的情况。这种情况下，为了能够担任所有的事务，两类器官中的某一个将会发生变化并达到完善化，它在变异的过程中，曾受到另外一种器官的影响；而另一类器官也许会因为另外一个迥异的目的而改变，也或许会完全消失。
作为一个不错的例证，鱼类的鳔清楚地给我们讲明了一个极为重要的事实：本来为了漂浮这个目的形成的器官，却变成了很不相同的目的，即呼吸的器官。而听觉器官的补助器，也是鳔在有些鱼类的体内的另一种作用。在位置和构造上，鳔都和高等脊椎动物的肺作用相同或者是非常的近似，这是所有的生理学者都承认的。所以，鳔实质上已经成为了肺，也就是一类专营呼吸的器官，这是毋庸置疑的。据此推断，任何脊椎动物的真肺都是由一种尚不清楚的古代的具有漂浮器也就是鳔的原始型一代代改变来的。欧文对这些器官有过饶有趣味的描述，我是根据他的描述推断出来的，我们就能够弄明白为什么要冒着将它们掉到肺里的危险，而一定要让吃下去的食物和饮料经过气管上的小孔，虽然那里长有一个奇妙装置能够让声门紧闭。高等脊椎动物已经彻底没有了鳃，但在它们的胚胎里面，颈两侧的裂缝和弯弓形的动脉标示着鳃原来的位置。可以想象，现今彻底没有了的鳃，也许正逐步在自然选择的作用下为某一不同的目的而服务。就像兰陀意斯说过的，昆虫的翅膀是由气管进化而来的。可能在这一庞大的纲目中，曾经被用来呼吸的器官已经转变成为飞行器官了。
在对器官的过渡这一问题进行考察时，非常重要的一点是一种机能转变为另外一种机能的可能性，因此我愿意以另外一例为证。我将有柄蔓足类的两个不大的皮褶称之为保卵系带，它通过分泌黏液将卵聚集在袋中，直到卵孵化。因为这种蔓足类没有鳃，全身表皮和卵袋表皮还有小保卵系带，全部是呼吸器官。藤壶科也就是无柄蔓足类就有所不同，因为没有保卵系带的关系，卵松散地放在袋底，外面还包着紧闭的壳，不过在相当于系带的地方却长着一张膜，它和系带、身体的循环小孔自由相通，庞大而且极其褶皱，博物学者都认为它具有同鳃一样的作用。我估计，这一科里的保卵系带与别科里的鳃在严格意义上是同源的观点会被所有人认同；虽然在实质上它们是互相逐步转化的。因此，不用怀疑，那两个小皮褶原先只是附带的、同时对呼吸作用帮助也不大，却已在自然选择作用下，变化成了鳃，只因为它们增大了体积并流失了黏液腺。倘若有柄蔓足类已全部灭绝，因为有柄蔓足类所遭受的灭绝比无柄蔓足类严重得多，谁会猜到无柄蔓足类的鳃起初是作为防备卵被冲挤出袋子外的一种器官呢？
最近美国科普教授和另外一部分人提出主张，即可能存在另外一种通过生殖时期的提前或者推迟的过渡方式。有的动物可以在获得完全的性状之前的极早的时期繁衍，这是我们现在所认知的，假如此能力在一个物种里得到了完全的发展，也许其成体的发育时期早晚会消失。此时，尤其是当其幼体和成体的差异很大时，此物种的性状就必须有显著的改变或推迟，甚至退化。有许多动物的性状直到成熟之后，几乎还在其生命过程中接连进行着改变。举个例子来说，哺乳动物的颅骨形状经常会随着年纪的增大发生重大的改变，穆里博士曾就此举出过海豹的一些动人的例子。
鹿越老，角的分支也越多；有的鸟越老，羽毛也变得越好看，这是很多人懂得的道理。科普教授认为，随着年岁的增大，某些蜥蜴的牙齿形状会有巨大的改变。根据弗里茨·米勒的记述，甲壳类动物成熟后，不单单是大量细小的部分，就是某些重要的部分，也会显现出新的特性。在这类例子当中，还能够列举出许多例子：比如物种被推迟了繁殖的时间，此物种的性状，起码是成年期的性状，一定会产生变异；在有些情况下，前期、早期两个发育时期可能会迅速结束，最终消失，也是有可能的。我还不能十分确定，物种是不是经常出现或曾经出现过此类比较突兀的过渡方式。假如这种情况曾经出现过，那么幼体与成体间以及成体与老体间的差别，在最初的时候可能还是逐步地产生的。
自然选择说的疑难焦点
自然选择学说仍然存在着严重的难点，即使我们在断言一切器官都不可以从相连的、细微的、过渡的各级产生的时候有多么的小心。
在下一章中，我们将讨论最严重的疑难之处--中性昆虫，其构造常常区别于雄虫与可以生育的雌虫。另一个难以说明的问题就是鱼的发电器官；由于想象不出这种奇妙的器官是经过怎么样的步骤形成的，所以连它起什么样的作用我们也不是很清楚。对于电鳗和电■，毋庸置疑，这些器官具有坚强有力的防御功能，抑或是捕食功能。但是对于鹞鱼来说，根据玛得希的结论，即使在受到巨大的刺激时，它尾巴上长的与发电器官相似的器官，其发电量也不足以达到上述目的的任一用途，因为其发电量实在是太小。
