居维叶曾将反刍类和厚皮类编排为哺乳动物中差别最大的两个目，然而被挖掘出来的化石连锁这么多，以至于欧文只得改变整个的分类法，把一些厚皮类与反刍类一同归于同一个亚目中；比如，他按照中间级进将猪和骆驼之间的显著的宽阔间隔取消了。有蹄类，就是长蹄的四足兽，如今分成双蹄和单蹄两类；然而南美洲的长头驼在某种程度上把这两大类联系起来了。人们都认为三趾马是介于现存的马与一些较古的有蹄类型之间的。在哺乳动物的链条中，由热尔韦教授取名的南美洲印齿兽是一个如此奇特的连锁，它无法被归入现存的一切目中。海牛类成为哺乳动物中十分特别的一群，现存的儒良和泣海牛最明显的一个特点就是根本没有后肢，即便是丁点残留的痕迹都未留下；然而，依据弗劳尔教授的主张，由于灭绝的海豚全部拥有一个骨化的大腿骨，和骨盘内的十分强大的杯状窝结合在一起，以致使得它与有蹄的四足兽相似，而海牛类则在别的地方相似于有蹄类。鲸鱼类与所有别的哺乳类相差甚大，但是，一些博物学者曾把第三纪的械齿鲸和鲛齿鲸归为一目，而赫胥黎教授却觉得它们肯定是鲸类，并且对水栖食肉兽形成过渡的连锁。
这些博物学家曾说明，就连鸟类与爬行类之间的宽阔间隔，也出乎意料地一方面通过鸵鸟和灭绝的始祖鸟，另一方面通过恐龙的一种，细颚龙--这包括所有陆栖爬虫的最大的一类，局部地联系起来。关于无脊椎动物，最大的权威巴兰得说，他天天都获得启示：尽管确实能将古生代的动物归入现存的群里，然而在如此古老的时代，每个群之间并没有像现在那样区分得那么明显。
一些作者不同意将一切灭绝物种或者物种群当成是任意两个现存物种或者物种群之间的中间类型。假若该名词的意义是指某个灭绝类型在其所有特性上都是直接处于两个现存类型或者物种群中间的话，这样的反对也许是正确的。然而在自然的分类中，不少化石物种确实介于现存物种之间，并且一些灭绝属介于现存属之间，甚至介于异科的属之间。最一般的情况大概是（尤其是差别极大的群，例如鱼类和爬行类），假如它们现在通过二十个特性相区分的，那么古代成员用以区分的特性应该要少一些，因此这两个群在从前或多或少要比在现在更加相近一些。
一般认为，越古老的类型，它的一些特性就越能联系起如今差别极大的群。这种观点当然只适用于在地质时代的进程中曾经产生过重大改变的那些群，然而要证实这种意见的正确性却并不容易，原因是就连现存的种种动物，比如肺鱼，也往往被发现与差异甚大的群存在亲缘关系。不过，假若我们比较古代的爬行类与两栖类、古代的鱼类、古代的头足类还有始新世的哺乳类，以及每个该纲的较为近代的成员时，我们肯定会相信这种主张的某些真实性。
让我们观察一下这几种情况与推断与伴随着变异的生物起源学说有何种程度的吻合。由于此问题有些繁杂，我不得不请读者再去看一下第四章的图解。我们设定有数字的斜体字表示属，从那里分出来的虚线表示每一属的物种。这个图解太简单，举出的属和物种过于少了，然而对我们来说这都是次要的。假设横线表示连续的地质层，同时把最上横线之下的所有类型都当成是已然灭绝了的。三个现存属，a14，q14，p14就构成一个小科；b14，f14是某个非常相似的科或亚科；o14，i14，m14是第三个科。
此三科与从亲类型（A）分离出来的数条链条上的不少灭绝属一起组成一个目，这样划分的依据是它们都从古代原始祖先那继承了一些相同的东西。按照从前此图解所阐述过的特性持续分歧的原理，不管什么类型，离现在越近的，往往就与古代原始祖先越是相异。这样，我们就能够大致了解最古化石与现存类型之间差别最大这个法则了。但是我们绝对不能假定特性分歧是一个必定发生的偶然事件，它完全由一个物种的后代是否能由于特性分歧而在自然构成中夺取大量的、不一样的位置。因此，一个物种因为生活环境的细微变化而略微变化，而且在相当长的时期内还保留着相同的普遍性状，就像我们看到的一些志留纪类型的情况，是很有可能的。在图解中是由F来代表的。
所有从（A）分出来的很多类型，不管是灭绝的还是现存的，就像前面提到过的，构成一个目；该目因为灭绝和特性分歧的不断影响，就被划分成若干亚科和科，当中某些被假设已灭绝于不同的时期，某些却一直存留到现在。
看一看图解，我们就能发现：倘若假设掩埋在连续地质层中的大量灭绝类型，发现于该系列的下部的几个点，那么最上线的三个现存科的相互不同便会减少。比如，如果a1，a5，a10，f8，m3，m6，m9等属已被挖掘，那三个科就会相当紧密地联系在一起，可能它们一定会组合成一个大科，这几乎和反刍类与一些厚皮类曾经产生过的情况相同。但有人反对认为灭绝属是联合起三个科的现存属的中间类型，此种见解也许部分是正确的，是由于它们变为中间类型，并非直接的，而是经由很多相距甚远的类型，经历漫长迂回的行程的。
