可是这只是表面的风光而已，吴应熊能够被两个皇帝如此器重，完全是为了笼络住吴三桂的人心、军心，希望他在西南边陲一心一意地当好他的平西王。可是多年以后，皇上意欲削蕃的消息传到了平西王府，不甘心权力被剥夺的吴三桂终是下了决心，起兵反抗朝廷。
由于嫡子嫡孙均在京城扣为人质，反清前夕，吴三桂派出密使到京城，准备接回儿子。吴应熊由于长期居于京城，且与建宁公主夫妻恩爱，早已丧失了血性气质，因此当然不肯回昆明。可是他又不忍心眼睁睁地看着父亲身临险境，于是将皇上准备提前削藩的决策偷偷告诉密使，并同意密使将大儿子吴世秘密带回云南。
当吴三桂起兵反清的消息传至北京，吴应熊即刻被捕入狱；当时的权相明珠建议将吴应熊和其留在京城的次子吴世霖处死。康熙十四年四月十三日，“吴应熊及其子吴世霖处绞，其余幼子俱免死入官”。
吴应熊虽然娶了皇上的姑姑建宁公主，夫妻恩爱，贵为额驸，但是他最本质的身份不过就是个人质而已。最终，当吴三桂起兵叛乱的时候，即使作为皇亲国戚也无法保得住身家性命，到头来仍是难逃被斩杀的厄运。
吴应熊驸马爷的身份都保不得身家性命，这年富、年熙兄弟更是没有任何护身符在身，要杀要剐全凭王爷一句话的事情。欲加之罪、何患无词？翻手是云、覆手是雨可是王爷的看家本领，有年家老老小小一众人等在京，他还真就不怕年尧那个奴才能做出什么背叛主子之举。
