首先就是最大的问题，这种细菌进入血液，如何不引起排斥反应，如何不引发败血症，如何达到共生效果。
这个问题耗费了项目组大量的时间，在最初的实验中，被注射的动物都产生了严重的免疫反应，甚至诱发败血症导致出现健康问题甚至死亡。
要知道，人类的免疫细胞可不好糊弄，不要说外来的菌种了，即使是外来的移植器官都会遭到免疫系统的攻击，产生排异反应，人体的共生菌，绝大多数位于消化道，以及皮肤表面，还有其他粘膜表面。
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要想改变免疫系统不攻击这些外来者无疑难度巨大，所以只能从细菌本身来入手。
为此，项目组将细菌基因进行了一些调整，在细菌进入血液之后，会对血小板表面抗原进行识别，并复制，做出改变，从而达到伪装的目的，骗过免疫系统的攻击，一直到最后正常在血液中定居下来，形成共生关系。
不过这种做法，显然也存在着巨大的风险。只要其中某些菌种发生基因突变，形成了致病菌，那么它们的这层伪装，无疑会变得异常危险，因为人体的免疫系统无法对它们做出任何的反应，只会任由它们在血液中进行破坏。
为此，这种细菌又进行了一些改变，比方说抗药性，它们的抗药性极低，哪怕是再小剂量的青霉素或者别的抗生素，都可以对它们造成极大的杀伤。或许这么做也会让它们在自然进化中产生出一定的耐药性，不过这都是以后的事情了。最起码，这种细菌短时间内不会对人类造成太大的威胁。同时，也计划研究一些特殊的抗体，可以诱发免疫系统重新识别这种伪装过的细菌，并对其进行杀灭。而这样一来，结果不用说，以后就再也无法使用这种菌类，必须要正常进食了。
安布雷拉从事的研究总是有一定的危险性，这也导致了一系列的安全问题，必须要有着严密的安全条例，才能确保研究的正常进行，而不是会造成危险生物的泄露。不要说这种有可能造成巨大灾难的细菌病毒了，即使是常规的转基因试验田，周围都有着极其严密的隔离措施，预防转基因花粉污染外界正常的植物群体。
免疫系统排斥问题解决了，然后就是其他的问题了，比方说它们的繁殖，不可能无限制地繁殖，还有产生葡萄糖的量多少，也必须要有个度。比方说宿主得了糖尿病，还无限制地产生葡萄糖，这显然不行。
这个问题也好解决，让它们对生活环境有比较严格的要求，只有血糖低于一定数量，它们才会大量繁殖，并进行光合作用产生葡萄糖提高血糖浓度。一旦血糖高于一定数值，它们就会停止光合作用，反而消耗血液里面的葡萄糖，这样还有助于调节血糖，一举两得。
第三就是在夜间，细菌白天进行光合作用释放氧气和葡萄糖，可是夜间呢？或者在室内没有眼光的地方呢？这些细菌活动消耗的能量，释放的二氧化碳，反而会在夜间加重人体的负担，增加消耗量，并加重夜间的呼吸强度。
或许，对于很多人来说，这不是什么很大的问题，但是，对于一些精益求精的科学家来说，这种问题同样必须解决。
为此，项目组对人体白天和夜间血液里面各项成分变化，对细菌进行了调整。当血液环境中血糖浓度降低，二氧化碳浓度增多，又缺乏光照的条件下，细菌将无法生存，进入休眠状态，甚至死亡，减少种群数量。
看着一条条试验报告，改进过程，阿霜满意地点了点头，能用如此有限的资金做到这一步，已经相当难能可贵了。只要产生足够的葡萄糖，自然经过转化乙酰，也可以合成脂肪。也就是糖和脂肪的问题都就此解决了。最后就是蛋白质的问题了，人体蛋白质必须从外界摄入，这点难以改变，除非有豆科植物根瘤菌那样的固氮菌和人产生共生关系。不过这类研究项目，安布雷拉并没有去进行。
另外，这些实验记录还显示，由于光合作用产生氧气，一些实验生物，比方说小白鼠，即使长时间将头浸泡在水中，只要有充足的光照，也不会出现窒息，它们体内产生的氧气可以大大延长溺水的时间，虽然光合作用产生的氧气还是会略微慢于体细胞的消耗。可这无疑是一个可以接受的小小的意外收获。
现在，这个菌类已经处于半成品状态，就差临床试验了。在动物实验上，已经取得了足够多的资料，那些体内注射了共生菌的动物，每天只要射入些蔬菜，矿物质，以及蛋白质以补充必须氨基酸就可以正常生活了。
不过唯一需要担忧的就是在繁殖过程中出现的dna错误造成的变异，虽然大多数的基因变异是无害化的，可是已经有出现过一例很危险的变异，它们在变异之后在血液中分解葡萄糖出现了障碍，会产生大量的乙醇，最终导致了试验用的小白鼠出现深度酒精中毒症状。最后及时地注射抗生素，这才让试验体存活下来，可是大脑因为乙醇的缘故遭到了不可逆转的损伤。
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