长叛军的势头，他们在有利时起兵进攻，不利时则请求投降。这是放纵敌人的作法，不是上策。”
于是朱儁拒绝了黄巾军的投降，再次连续的发起猛攻，但均未能攻克。
虽然朱儁用声东击西之机攻破了外城，逼的韩忠请降，但官军打了四个多月还是没有彻底攻陷宛城。
随后他登上土山，观察黄巾军的情况，回头对司马张超说：“我知道原因了。现在叛军被严密围住，内部形势危急，他们求降不成，突围又无路可走，因而死战。万人一心，已是势不可挡，更何况十万人一心呢！不如撤除包围圈，集中兵力攻城。韩忠见到包围解除了，势必自己出来求生，自己出城定会各寻生路，斗志全消。这是破敌的最好办法。”
于是朱儁改变策略解开包围，给了黄巾军们一条“生路”，韩忠果然中计出战，朱儁大破韩忠，韩忠投降，最后被和他有怨的秦颉杀死。韩忠投降被杀后，宛城内的黄巾军门宁死不降，又推孙夏为帅。
朱儁发起猛攻，司马孙坚率领部下首先登上城墙，官军最终攻下了宛城，孙夏逃走，朱儁追至西鄂县的精山，再次击溃黄巾军，斩杀一万余人。
南阳黄巾军最终被朱儁平定。
【冀州黄巾军的覆灭】
张角领导的冀州黄巾军毫无疑问是黄巾军中的主力。
那时黄巾军虽然数量众多，但装备较弱、军纪不齐，所以张角在面对卢植所率领的东汉主力军时并没有占到上风，数场大战下来，张角损失了万余人，还被迫撤到了广宗。当时汉军占到上风，卢植正在整备军队、制造器材，准备攻下广宗，可惜由于他拒绝贿赂视察军情的宦官左丰，被左丰诬告作战不力，灵帝大怒之下，罢免了卢植，并将他押送回京，判处比死罪轻一等的处分。随后以东中郎将、陇西人董卓替代了卢植。
卢植被罢免后，张角获得了喘息时间，他整理军队、强化训练，以逸代劳，大破董卓，董卓也因此被处分撤职。此时皇甫嵩与黄巾军在苍亭大战，俘虏黄巾军将领卜巳，于是灵帝下诏又以皇甫嵩为主率军征讨张角。
皇甫嵩率军赶到后，恰好逢张角病死，但张梁率领的黄巾军也是骁勇善战，皇甫嵩未能取胜。第二天，皇甫嵩关闭营门，让士兵休息，以观察敌军的变化。看到黄巾军情绪逐渐松懈，便趁夜部署军队，清晨鸡鸣之时，疾驰冲向敌阵。交战至傍晚时，黄巾军大败，张梁被斩首，黄巾军三万多人被杀，约五万人被逼落河中淹死。
十一月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典在曲阳斩杀张宝，攻克曲阳，俘虏十多万人。
于是黄巾之乱从爆发到结束仅仅不到十个月就被平息了。
张角三兄弟虽然死了，但黄巾军并没有真正意义上的结束，其余党众多，有黑山、白波、黄龙、左校、青牛角等大小数十个势力。中平五年（188），黄巾余党再次发起叛乱，黄巾余部纷纷起事。黄巾大起义虽然被平息了，但这并不标志着结束，反而这只是大幕开始前的序幕而已。此后，朝廷下放权力到地方，各地拥兵自重，群雄逐鹿而起，东汉王朝一步步走向灭亡。
