不少敌兵连夜奔逃。笮融见孙策还在，越发警惕小心，深沟高垒，严加守备。
孙策见笮融负险固守，一时难以攻克，便引兵南向，先在梅陵（今安徽南陵县）击败刘繇的别部，接着转兵进攻湖孰（今江苏江宁县南湖熟镇）、江乘（今江苏句容县北）等地。均悉数被孙策攻克。
据《三国志·吴书·妃嫔传》中的记载，吴景在秣陵攻打笮融、薛礼。当时孙策在牛渚受伤，降贼重新反叛，吴景前往攻讨，将他们全部擒获。这里与《江表传》中内容并不完全一致，但也可能是孙策受了两次伤。
但经过一系列的胜利之后，孙策已经打到了刘繇的老巢曲阿。
这时刘繇的同郡人太史慈这时从东莱来看望刘繇，正赶上孙策进攻曲阿。有人劝刘繇可任用太史慈为大将，刘繇说：“我如果任用太史慈，许劭不会笑话我吗！”于是他只派太史慈去侦察敌军动静。
有一次，太史慈只带一个骑兵外出，在神亭与孙策突然相遇，当时跟随孙策的有十三名骑士，都是辽西人韩当、零陵人黄盖等当年追随孙坚的旧将。太史慈便向前出战，正与孙策相对，孙策一枪刺中太史慈的马，夺得太史慈脖子后面插的手戟，而太史慈也夺得孙策的头盔。正在此时，两家的骑兵各自同时赶来，于是双方散开。
刘繇没有重用太史慈，自己更是完全不是孙策的对手，很快就惨败给他，被迫退往丹徒。
孙策就此打败了自己在江东的第一个敌人，扬州牧刘繇，为日后一统江东打下了坚实的基础。
在《吴历》关于神亭之战另有一番记载，认为太史慈在此处直接被孙策所擒。
记载为太史慈于神亭战败，为孙策生擒。而孙策素闻其名，即时解缚请见，向太史慈询问进取之道。太史慈则回答：“败军之将，没有资格和大人谈论这个事情。”
孙策就说：“昔日韩信能定计于广武，如今我孙策当然也能向仁者询求解惑之法，你又怎么能推辞呢？”
太史慈便道：“扬州军近日新破，士卒皆离心分散，已经很难再次合聚在一起；我愿出去为他们宣示您的恩惠，以安抚他们并将众人招到您的麾下，只是害怕这样做不和您的意思。”孙策看到太史慈这样说，竟然跪下给他答复：“您说的这就是我孙策心中所想的。明天中午，希望您可以及时的回来。”
当时孙策麾下将领们都对太史慈十分怀疑，只有孙策坚持说：“太史子义是青州的名士，一向以信义为先，他绝对不会欺骗我的。”到了第二天，孙策设宴大请诸将，他预先设下酒食，还将一根竹竿矗立在营中以视察日影。到了中午，太史慈果然依约而回，孙策大喜，以后曾经和他一起讨论军事。
但《吴历》中的此番记载和其他资料相差太多，所以极可能是谬误，不能作为依据。
