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，建安二年（197），郭汜被部下伍习杀死，余部被李傕兼并。
同年，曹操派谒者仆射裴茂率领关西诸将段煨等讨伐李傕。次年李傕退守黄白城，被张横、梁兴等击败斩首，曹操下令夷灭其三族。
西凉军势力没落之后，关中地域则被韩遂、马腾等人所吞并。
【交联曹操】
建安四年（199），曹操为了在对抗袁绍有一个稳定的后方，听从荀彧的建议上表任命钟繇为侍中、代理司隶校尉，持节督关中诸军，将后方事务委托给他，特别授予他不受制度拘束的权力。钟繇到达长安后，致信马腾、韩遂等人，为他们陈述利弊祸福，马腾、韩遂都送自己的一个儿子到朝廷为人质。
这也标准着以韩遂、马腾为首的原凉州叛军势力对于曹操所控制下许昌朝廷的屈服和认可。
建安七年（202），袁尚派高干、郭援率军数万，与南匈奴单于栾提呼厨泉进攻河东郡，并派使者与韩遂、马腾等关中诸将联合出兵，曹操派钟繇对抗，而钟繇派张既劝说马腾支持曹操。马腾派马超率精兵一万多人，连同韩遂等的军队，与钟繇合击大破郭援等。献帝拜马腾为征南将军、韩遂为征西将军，允许他们开府辟召掾属。
三年后，曹操派张既征集马腾、韩遂等人击败了再次击败了高干、张晟军，斩杀了反叛的卫固等人，平定了河东郡的叛乱。
【入朝】
虽然韩遂、马腾为首的凉州势力对于曹操表示屈服了，但因为他们本身的强大，所以曹操一直想进一步加强对于他们的控制，并不满意于这些质子的诸侯们逍遥于外，而是想让他们慢慢的交出部队和权势，甚至本人亲自入朝来许昌，而曹操也很快就得到了这个机会。
建安十三年（208），因部曲间的矛盾，马腾、韩遂二人成为仇敌，韩遂甚至杀掉了马腾的妻子，二人连年交战。到此时曹操派钟繇、韦端前去劝和，并以马腾为前将军，改屯于槐里，假节，封槐里侯。趁这个机会，曹操派出了张既征命马腾，要求他脱离部曲入朝为官，马腾虽已经许诺，但始终忧郁不决。张既恐其生变，乃令诸县储备粮食物资，以备不虞。复令二千石俸禄以上官吏出郊迎接，马腾不得已，乃入朝。曹操表他为卫尉，家属迁至邺城，并表其子马超为偏将军，统率马腾的部曲。
次年，韩遂派自己的女婿阎行前往拜谒曹操，曹操厚待阎行，上表朝廷授阎行为犍为太守。阎行趁机请让他的父亲入朝任职，阎行西还见韩遂，把曹操劝韩遂入朝的话告诉他。并趁机劝韩遂归附曹操，劝他先派一个儿子入朝作为人质。韩遂说：“暂且再观望几年！”后来就派自己的儿子与阎行的父母一起入朝。
此时，虽然曹操没能将西凉完全控制在手中，但对于关中和凉州诸侯的影响力已经大大加强，韩遂、马超等诸侯在当时没有大的变故情况下已经基本不会率先进攻曹操~了。
