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对士族的清理没有那么残忍，他们只是杀掉了那些各家的所有成年男子，男童和所有女子都只是为奴而已。等到袁宗第率领援军抵达汉城的时候，叛乱已经被全部清缴完毕。当然袁宗第的增援也并非无用，他的军队很快分散下去，对周边各地的士族进行清缴。
在叛乱被剿灭的第二天，执政府就发出了公告，声明城内士族本就是跟随旧王李倧的叛乱分子。光海君登位之后，双方矛盾日益尖锐，光海君准备将这些反叛者全部杀死，最终激起官员反叛。
叛军攻入王宫，杀死了光海君以下数百人，但驻军英勇作战镇压了叛乱，并诛杀所有主要叛乱分子，同时各地驻军开始请教叛乱余党，将他们全部镇压，为光海君报仇。弑君这可是大罪，就算是当年李倧发动宫廷叛乱，也不敢背这个骂名杀死光海君，而是将他弄瞎双眼之后流放，如今竟然有官员敢弑君，这个罪责就大了。
宋献策要的就是这样的效果，以协同叛乱的名义，各地民兵配合驻军展开了抓捕，整个朝鲜范围内的士族纷纷被抓捕。那些士族阶层平日里作威作福，很受各地百姓的仇视，如今他们遭到逮捕，立刻受到了当地百姓的拥护。
实际上朝鲜师从于华夏，一切律法都是照搬明朝的，作为最大罪行的弑君，是可以株连九族的。宋献策就利用这样的律法，开展了对整个朝鲜知识分子的阶层的大清洗。开始的时候收到牵连的是那些任职官员，毕竟他们与汉城大员们有联系的几率最大，但是很快打击面就变大了。
那些致仕官员多是现任官员的老师，而尚未当官的知识分子，则是那些官员的学生，这是一个庞大的关系网，以利于朝廷官员的新旧交替，而宋献策就恰恰利用了这个关系网。
老师和学生都在九族之列，他们很快也被圈入的打击范围，随着宪兵队的屈打成招，这些人为了减少痛苦，又招出了认识的人。对于这些被二次供认出来的人，宪兵队都加以甄别，那些有知识有文化的都被清理，而平民百姓则不予理睬。
打击叛国分子无论如何打击都会受到百姓拥护，这是皇权时代的特权之一，而就在这样的一场浩劫之中，宋献策完成了对整个朝鲜知识分子阶层的大清洗。随后宋献策以朝鲜王族被叛逆完全屠灭为借口，宣布将执政府作为朝鲜的最高统治机关，而他自任最高执政，同时全国实行军管，由政府派出的官员与当地驻军共同管理事务，直到新的政府被搭建起来。
利用军民混合治理的方式，宋献策以最少的官员投入，暂时稳定了朝鲜的局面。他同时取消了谚文，在整个朝鲜全面铺开华夏文教育，将这里的所有百姓全都融入到华夏之中。
依靠这样的普及教育和宣传，宋献策达到了灭亡朝鲜民族的目的，等到那些上学的孩子成为朝鲜新一届的知识分子，他们将会只认同自己是华夏人是大明人，却不会想到朝鲜还是一个国家。当这些孩子成长起来，宋献策才可... --
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献策才可以解除军管，让他们组成政府，到时候朝鲜将恢复正常，并永久的并入华夏。
并不知道朝鲜正在发生翻天覆地的变化，此时的朱聿键正在为袁崇焕的事情而焦头烂额。这天早朝在六部例行公事处理完之后，刑部尚书韩继思出班道：“启禀皇上，明日即是昭喻斩首袁崇焕之日，未知圣上意下如何？”
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