尽管随着大明远洋海运的兴起，以及日本、朝鲜和琉球等国相继落入八贤王手中，并不再对外国商人开放，让巴达维亚的商业地位下降了许多，但这里的利润仍然不是其他地方所能比拟的。为了保护此地，尼德兰人甚至不惜重金修建了坚固的岸防工事，并常年驻扎一万名正规陆军士兵。
在欧洲联合舰队被消灭，马六甲要塞被攻克之后，尼德兰东印度公司高层就明白，情况恐怕即将发生逆转，巴达维亚已经守不住了，他们必须尽快撤退到南亚次大陆的据点去。
只是巴达维亚经营多年，东印度公司的产业数不胜数，不是想要撤退就能迅速离开的。公司优先将七名董事送到南亚次大陆主持局势，并开始将所有公司财产逐步撤离，然而这项工作才刚刚进行了一半，唐军已经突然抵达了。在明唐海军舰队的配合下，唐军陆军完全封锁了巴达维亚海陆通道，将四名董事和超过三万名尼德兰移民困在了此地。
尼德兰人已经没有了舰队，仅存的武装商船完全无法与对面强大的明唐海军作战。张名振首先以四号战船组成的舰队，在外海对巴达维亚港附近的炮台进行了狂轰乱炸。
因为这里地势平坦，炮台建设很难利用地理优势，尽管修建的相当坚固，但面对强大舰队依然无济于事。没有地形高度的加成，尼德兰人安装的寇菲林炮射程不足，根本无法打到使用８公斤火炮的四号战船，结果只能眼睁睁的挨打。
８公斤重的圆形实心弹，敲击在大石砌成的堡垒上，砸得碎石四溅。尽管号称东南亚最坚固的堡垒，就这样硬挺着挨打也依然坚持不住。反正尼德兰人已经没有了援军，明唐海军也不着急，就在外海持续轰击炮台整整十三天，最终炮台结构无法支撑过多的损伤而崩塌。
解决了尼德兰人的炮台，宁波号铁甲舰一马当先突入港口区，面对着坚守港口区的尼德兰陆军发起进攻。尼德兰陆军使用的野战炮，炮弹射在铁甲舰的船舷上犹如挠痒痒，而炮管粗大的舰炮威力却不可同日而语。
在坚固铁甲的掩护下，铁甲舰向着尼德兰陆军大量倾泻火力。１０公斤火炮射出的开花弹，每一发炮弹都能炸出一个直径十多米的巨大弹坑，仅仅遭受了两轮炮火洗礼，尼德兰陆军就彻底溃退了。
尼德兰陆军让出的港口区，很快被登陆的海军陆战队所占据，他们开始利用武器优势，在舰炮的掩护下，逐步向城区推进。唐军的陆军部队也趁势发起进攻，利用各种口径的火炮对着城头猛轰。
尼德兰人面对无法抵抗的炮火轰击，只能让出城头向城内龟缩，结果唐军的陆军也很快进城了。在多支部队的挤压下，尼德兰人顾此失彼，防守区域越来越小，最终留守的四名董事不得不同意指挥官的要求，向唐军举手投降。
巴达维亚的被攻克标志着尼德兰东印度公司由盛转衰，欧洲势力彻底退出马六甲以东地区，未来他们将转入完全防御态势，华夏海军却能够凭借东印度群岛和马六甲海峡为基地，进可攻退可守。
