与此同时，公共卫生也第一次引起了各级政府的重视。北蓟省开始在各关检疫分所于城瓮内设机器药水见人消毒，屠宰行业每日必须消毒一次，内脏必须当场清洗干净装在专用的板箱内，不准暴露在外，工作人员必须穿白色服装。
天风卫生局发布紧急告示，列出喝开水、吃熟食、注意生活卫生等10条预防措施。帝都则令各街巷剃头棚房屋一律裱糊干净，地下均垫石灰，所有铺内伙友，衣服、搭布、手帕每日更新三次。如发现私自通行于断绝交通之处及随地便溺不遵守公共卫生者，处以五元至三十元不等的罚款。
尽管防疫工作做得如此到位，即使是后世的眼光来看也很科学，但鼠疫却没有得到有效控制。伍连德开始深思，流行在冥北的这种致人死命的恶疾到底是不是鼠疫。
作为一名严谨的科学工作者，伍连德决定还是通过化验来判断。就在伍连德入住傅家甸之后的一个半月，一名与当地人通婚的倭国女人疫死，伍连德当即决定解剖尸体，找出真正的病因。
在孙姚两位医生的带领下，伍连德和助手来到一间幽暗肮脏的小屋，倭国女人就穿着一件简陋的和服躺在榻榻米上。经过简单的消毒和防护措施，解剖开始了，伍连德用刀片划开了死者的胸膛取出肋骨，用注射器抽出死者心脏、肺脏和脾脏的血液，并把它们放在载玻片上以备回去化验。随后他们将尸体小心地缝好穿上衣服，安放在政府提供的棺材中。解剖的全过程严格保密，甚至连死者的家人也不知道发生了什么。
这大概是冥北乃至全华兰境内第一次尸体解剖了，在华兰人的观念中，解剖尸体无疑是对死者的大不敬，一旦被当地百姓知道，必将引起人们的恐慌和愤怒。何况如今的后金律之中也不允许解剖，可见伍连德此时承受了多大的压力。
事实证明，这个险冒的相当值得。经过化验，伍连德在死者的血样中发现了鼠疫杆菌，由此可以确定流行在傅家甸的恶疾正是鼠疫。但这种疾病是通过飞沫传播的，与鼠疫公认的传播方式相矛盾，这又怎么解释呢？这时伍连德大胆地提出，在傅家甸流行的鼠疫不同以往，它是可以通过飞沫传播的肺鼠疫。也就是说无需通过老鼠，肺鼠疫就可以在人与人之间传播。
找到了病因，伍连德立刻决定启程回哈尔滨，他要尽快召集人手，展开对鼠疫的防治工作，但一开始他的理论就没有被同行接受。就在伍连德到达哈尔滨之前，倭国南金铁路已派一名日本医生前来调查病因，而这名倭国医生正好受教于鼠疫杆菌的发现者——著名学者北里柴三郎。
对于老师的理论，倭国医生是深信不疑的。他刚刚抵达哈尔滨就立即雇人捉四处老鼠，以期在老鼠身上发现鼠疫杆菌。可是一连解剖了几百只老鼠，他始终没有在老鼠身上发现预料中的鼠疫杆菌。
